本季开篇，NCIS（海军罪案调查处）总部遭遇重大改组，一位强硬派的女性副局长空降，将原本默契的团队打散分配到不同部门，更将核心成员吉布斯半停职。正当团队分崩离析时，诺福克海军基地发现一具无头海军中校尸体，死前曾负责北约绝密情报交换项目。案件迅速升级为国际事件，涉及英、法、以等多国情报机构。吉布斯违规重启调查，发现这位副局长可能不只是来“改革”的——她与死者有旧交，且正在掩盖一份即将曝光的名单，名单上的人涉及多年前一艘潜艇的事故真相。老队员们不得不各自为战，利用被分到的新岗位便利，从内部收集证据。当凶手锁定为一个被认为是“烈士”的外国间谍时，团队必须在违抗命令和遵循程序之间做出选择，而他们每一步都踩在叛国的边界线上。
第九季大胆“拆家”反而激活了老牌剧集的生命力。新角色的压迫感与老队员的忠诚形成了绝妙张力。案件设计回归本剧最初的“军事机密”内核，政治惊悚元素大幅增加。老粉会骂着编剧看到最后，然后哭着打五星。
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